Þegar sublimation á ísnum í vörunni er lokið fer þurrkun vörunnar í annað stig. Á þessu stigi, þó að það sé ekkert frosið í vörunni, er enn um 10 prósent raki í vörunni. Til að varan nái hæfilegu rakainnihaldi, verður að þurrka vöruna frekar.
Á afsogsstigi er hægt að hækka hitastig vörunnar hratt upp í hámarks leyfilegt hitastig vörunnar og halda því við þetta hitastig þar til frostþurrkun lýkur. Það er gagnlegt að hækka hitastig vörunnar hratt til að draga úr rakainnihaldi vörunnar sem eftir er og stytta þurrkunartímann. Leyfilegt hitastig vörunnar fer eftir fjölbreytni vörunnar, yfirleitt um 25 gráður -40 gráður. 25 gráður fyrir veiruvörur, 30 gráður fyrir bakteríuafurðir og allt að 40 gráður fyrir sermi og sýklalyf.
Í afsogsþurrkunarstigi, vegna minnkunar á vatni sem sleppur út í vörunni, veldur lækkun hitastigs eimsvala þess að vatnsgufuþrýstingur í kerfinu lækkar, sem dregur oft úr heildarþrýstingi frostþurrkunarboxsins niður í minna en 0.1 mbar, sem gerir það að verkum að frostþurrkaða kassinn fellur niður í minna en 0,1 mbar. Varmaflutningur í þurrkassa er nánast útilokaður. Þess vegna, jafnvel þó að hitastig lagsins sé hitað upp í hámarks leyfilegt hitastig vörunnar, hækkar hitastig vörunnar mjög hægt vegna lélegs hitaflutnings.
Til að bæta hitaflutning frostþurrkunarboxsins getur hitastig vörunnar náð hámarks leyfilegu hitastigi hraðar, til að stytta tíma afsogsþurrkunarstigsins. Til að stjórna þrýstingnum í frostþurrkunarboxinu er stjórnþrýstingssviðið á milli 0,15 og 0,3 mbar. Þrýstingurinn í frostþurrkunarboxinu er almennt stjórnað með kvarðaðri lekaaðferð. Á tómarúmskerfi frostþurrkunarvélarinnar (aðallega á frostþurrkunarboxinu), settu upp gervi lekagöt sem hægt er að leiðrétta, sem er stjórnað af tómarúmstækinu; þegar þrýstingur frostþurrkunarboxsins fer niður fyrir neðri mörk sett gildi tómarúmstækisins, er leka segulloka loki opnaður og þurra og dauðhreinsaða óvirka gasið er sett í frostþurrkunarboxið, þannig að þrýstingurinn í frostinu -þurrkabox hækkar. Þegar þrýstingurinn hækkar að efri mörkum settu gildi tómarúmstækisins er segulloka loki lekagetsins lokað og loftinntakið er stöðvað. Þrýstingurinn í frostþurrkunarboxinu lækkar aftur þannig að þrýstingurinn í frostþurrkunarboxinu er stjórnað innan settra marka.
Þrýstistýringin getur einnig notað aðferðina til að opna og loka lokanum á milli frostþurrkunarboxsins og eimsvalans með hléum og aðferðina við hlé á notkun lofttæmisdælunnar. Og aðferð við hlé á rekstri eimsvala ísskáps osfrv.
Þegar hitastig vörunnar hefur náð leyfilegu hitastigi er mikil endurheimt lofttæmis nauðsynleg til að draga enn frekar úr rakainnihaldi vörunnar. Á þessum tíma ætti að hætta að nota ofangreindar aðferðir til að stjórna þrýstingi. Samhliða endurheimt háa lofttæmis í frostþurrkunarboxinu náði hitafall eimsvalans vegna álagsminnkunar einnig lægsta hitastigi. Þetta hámarkar vatnsgufuþrýstingsmuninn á milli frostþurrkunarboxsins og eimsvalans. Slíkt ástand er mjög stuðlað að því að afgangsvatni sleppi út í vörunni. Almennt ætti það að vera í ástandi í ekki minna en 2 klukkustundir. Því lengur sem tíminn er, því lægra er afgangsvatnsinnihald vörunnar.
***Lengd afsogsfasa fer eftir eftirfarandi þáttum:
Fjölbreytni af vörum: Mismunandi vörur hafa mismunandi þurrkunarerfiðleika og á sama tíma hafa mismunandi vörur mismunandi leyfilegt hámarkshitastig. Fyrir vörur með hærra leyfilegt hámarkshitastig getur tíminn verið að sama skapi styttri.
Rakainnihald leifar: Vörur með lágt rakainnihald þurfa lengri þurrkunartíma. Afgangsrakainnihald vörunnar ætti að stuðla að langtímageymslu vörunnar og það er ekki gott ef það er of hátt eða of lágt. Það ætti að ákvarða með tilraun.
Afköst frystiþurrkans: Tómarúmsstigið sem hægt er að ná á seinna stigi afsogsstigsins er hátt og frystiþurrkarinn með lágt hitastig eimsvala getur haft styttri afsogsþurrkunartíma.
Hvort á að nota þrýstingsstýringaraðferðina: Ef þrýstingsstýringaraðferðin er notuð er hitaflutningurinn bættur, tíminn fyrir varan að ná hámarks leyfilegu hitastigi styttist og tíminn fyrir afsog og þurrkun er einnig styttur.
Að lokum, hvort hægt sé að ljúka frostþurrkuninni, ræðst af því að vöruhitastigið hefur náð hámarks leyfilegu hitastigi og hefur verið haldið við þetta hitastig í meira en 2 klukkustundir; lokaðu lokanum á milli frostþurrkunarboxsins og eimsvalans og gaum að því að fylgjast með frostþurrkunarboxinu. Þegar þrýstingurinn hækkar (lokunartíminn ætti að vera lengri á þessum tíma, um 30 sekúndur til 60 sekúndur). Ef þrýstingurinn í frostþurrkunarboxinu eykst ekki verulega þýðir það að þurrkuninni er í grundvallaratriðum lokið og hægt er að ljúka frostþurrkuninni. Ef þrýstingurinn eykst verulega þýðir það að enn er vatn að sleppa út og þurrkunartímann ætti að lengja. Þar til engin marktæk hækkun er eftir lokun á milli frostþurrkunarkassaþétta.